Als die Ritter des Johanniter-Ordens im Jahre 1495 mit dem Bau des St. Peter Kastells begannen, verwendeten sie die Reste des Mausoleums als bereits vorbereitetes Baumaterial. Die Ritter nannten dann diese Stadt Mesy, in totaler Unkenntnis ihrer antiken Vergangenheit und die Festung, nun Burg von St. Petrus. Sie wurde bald die wichtigste Zufluchtsstätte für die Christen auf ihren Kreuzzügen in Richtung Jerusalem
Der Burgbau dauerte nahezu 100 Jahre und selbst der Vatikan entsandte Christen zum Bau. Ein päpstlicher Erlaß versprach all denjenigen, die beim Bau dieser Festung mitgewirkt hatten, eine sichere Aufnahme in den Himmel.
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